早上醒来肚子痛、拉肚子即腹痛、腹泻，常见原因如下：1、消化系统疾病：患者应适当进行消化系统的检查，如果有急慢性胃炎、胃肠炎、胆汁反流性胃炎、胃或十二指肠溃疡，或慢性的胰腺炎、胆囊炎、肝炎、阑尾炎、腹膜炎等疾病，早晨醒来时就经常会有腹胀、腹痛、食物吸收消化不良等临床情况。建议患者到医院进行系统全面的检查，以免出现上述的临床情况，而疾病迁延不愈合，避免出现炎症的周身感染，造成代谢紊乱或代谢综合征。还要到医院进行胃镜、肠镜，最好做幽门螺杆菌的检测；2、内分泌疾病：易造成胃肠道植物神经功能紊乱，包括严重的甲状腺功能亢进、肾上腺功能不全，也会早上醒来腹泻。