肠镜检查是临床上非常常用的肠道检查方法，在女性进行肠镜时可能会出现一些并发症，相当于肠镜的副作用。做肠道检查前需要做肠道准备，服用清理肠道的药物，虽然清理肠道的药物总体较安全，但有些人服用后，可能也会引起腹胀甚至呕吐，可能会导致体内电解质紊乱，而呕吐剧烈可能会造成贲门黏膜撕裂。另外，如果在短时间内饮用大量的水，对于一些基础心功能不佳的女性，可能也是一个挑战。肠镜本身也可能会引发并发症，如导致黏膜擦伤或造成出血、穿孔，虽然发生概率较低，但也有发生的可能性。有时是因为存在病变进行肠镜检查，如发现肿瘤时，在肠道会存在粘连固定，检查时导致穿孔的风险则会增加。