一般消化系统肿瘤的标志物临床上包括许多种，临床上可以通过这些肿瘤标志物的异常变化来提示一些消化系统的肿瘤，并且也可以作为肿瘤病变发生、发展的一个监测指标。例如，癌胚抗原、糖类抗原72-4、糖类抗原19-9、糖类抗原12-5、甲胎蛋白、糖类抗原50或糖类抗原24-2等多项指标，临床上都可以用于辅助诊断一些消化系统发生的肿瘤病变。无论是良性病变，还是恶性病变，一些消化系统的肿瘤患者临床上可能都会出现一些肿瘤标志物异常。例如，很多胃癌患者会出现糖类抗原12-5、癌胚抗原、糖类抗原72-4的指标明显高于正常值。当出现这种情况，一般会提示被检测者进一步完善胃镜等检查。通过胃镜中可疑组织的病理学检查，可以确定导致这些肿瘤指标升高的具体原因。并且，一些已经确诊的消化系统肿瘤患者，也可以通过监测一些特异性的肿瘤指标，来观察患者的病情发展情况。