熬夜拉肚子(医学中称为腹泻)，多数患者可能因为经常熬夜引起神经功能的紊乱，进一步影响到肠道功能紊乱，有的患者可能就会出现腹泻的情况。胃肠道功能的调节受中枢神经系统功能的调节，也有胃肠神经自身神经功能的调节，还有自主神经的调节，三者之间有密切的功能联系，称为脑长轴的互动调节关系。尽管熬夜可能会影响作息时间，经常熬夜会打乱生活的节律，可能影响到中枢神经。对于胃肠神经功能的调节，也会打乱肠道自主神经功能的调节，从而会引起肠道运动功能紊乱、肠神经功能紊乱，也会影响肠道分泌的激素、神经递质等。通过此机制，影响肠道功能的紊乱，可能就会出现腹泻，有的患者可能会出现腹泻、便秘交替等，熬夜经常腹泻的临床症状，也称为功能性胃肠病。