肾疼尿频的原因主要包括以下几种：1、泌尿系统感染：如肾盂肾炎，患者会表现为肾区疼痛、尿频，还会出现发热、乏力等全身症状；2、肾脓肿：也会导致患者出现肾区疼痛以及尿频的发生；3、泌尿系统结石：若患者发生肾结石导致肾积水，或合并局部感染，也会出现肾区疼痛以及尿频、尿急等症状，严重时还会有血尿的发生；4、其他原因：包括肾脏畸形以及肾盂与输尿管连接部狭窄，当合并炎症时，患者也会出现肾区疼痛、尿频的症状。