微波消融甲状腺结节的副作用，包括以下几个方面：1、出血：最常见的就是出血，由于术中没有止血彻底，或者是术后患者血压升高，或者是患者出现剧烈咳嗽，都可以导致消融部位出血，导致患者出现颈部的大血肿。严重时血肿可能会压迫气管、食管，需要二次手术切开，排除血管。如果不及时排除，有可能会导致术后的感染，导致甲状腺脓肿的可能性。这一侧的甲状腺功能，都有可能出现问题；2、异物损伤：比如操作不好，有可能会误损伤到正常的甲状腺组织，以及甲状旁腺组织，还有可能损伤到甲状腺后面的甲状旁腺以及喉返神经，以及后面的气管、食管，会导致患者出现声音嘶哑，或者是手足抽搐，或者是食物残渣流到颈部，出现气管食管瘘，或者是颈部感染的情况；3、治疗不全：也是引起重视的，就是因为甲状腺癌是多灶性的病变，好多患者只是做了病灶的消融，很容易导致患者或者是医生认为病变已经进行清除。但是外科学原则是不符合的，一般要强调至少单侧腺叶的切除，才能把甲状腺癌进行彻底治疗，所以只是进行单侧的、单病灶的射频消融，达不到治疗、根治甲状腺癌的目的。所以有可能会导致患者误认为治疗已经很彻底，会导致这次治疗的不全。