无创基因检查虽简单和方便，且对大肠癌诊断具有重要指导意义，但其无法完全明确大肠癌的发生，也无法指出大肠癌的发生部位、性质、肿瘤大小。所以粪便基因检查阳性后，需进行肠镜检查，判断是否有腺瘤、肿瘤，若有肿瘤需取病理确诊。 通过肠镜检查可发现肿瘤部位，如左半结肠、右半结肠、横结肠的、直肠。所以肠镜检查可明确诊断和指导临床治疗，如保守治疗、手术治疗，或其它治疗。粪便基因检查仅提供重要线索，或为进一步检查提供依据，所以无法完全代替结肠镜检查。