肛门指检如果采取正确方法，通常不会感觉特别疼痛，如果肛门较松弛，通常亦不会有特别的疼痛感。肛门指检痛可能是由于肛门本身有疾病，比如肛门有狭窄、肛裂时，可能检查时会有疼痛，亦可由紧张引起。患者在较紧张时，会较用力收缩肛门，收缩肛门时指检，指头通过肛门时会有阻力，从而会出现疼痛感。所以正常情况下，放松肛门，且肛门无狭窄等疾病，尤其无肛裂，肛门指检并不会有疼痛感。通常需先用手指头涂抹上润滑油。随后在肛门周围反复按摩，让患者放松，待肛门松弛时采用正确的方法做肛门指检。