治疗卵巢囊肿的药物包括中药和西药，中药主要包括桂枝茯苓，可以散结镇痛。西药主要是激素类药物，包括口服避孕药地诺孕素、基因rh类药物等。卵巢囊肿包括良性和恶性，如果考虑是恶性或者交界性肿瘤，不应该使用药物治疗，应该尽快手术，可以开腹探查或者进行腹腔镜检查，明确肿瘤的性质，然后根据肿瘤的良恶性判断手术范围。如果是良性肿瘤，可以单纯进行卵巢囊肿切除，或者单侧附件切除。如果是恶性肿瘤，可能需要扩大手术范围，需要切除全子宫、双附件、大网膜，甚至盆腔淋巴结。如果是卵巢巧克力囊肿，通常可以使用西药进行治疗，也就是激素类药物，包括口服避孕药，如地诺孕素、地屈孕酮，以及基因rh类药物，还可以使用曼月乐来抑制囊肿生长。如果囊肿比较大，超过4cm就有手术指征，需要采取手术治疗。如果是其他的炎性囊肿，可以给予中药治疗，观察用药后囊肿是否能够缩小甚至消失。