恶性胃肠道间质瘤部分能治好，部分可以通过靶向药物的控制达到较好的治疗效果。恶性胃肠道间质瘤一般指的是复发转移的胃肠道间质瘤，部分初始肿瘤比较大，不可以切除，或潜在可切除的肿瘤，手术切除的原发性胃肠道间质瘤有可能被治好，总体复发率大概在30%。 酪氨酸激酶抑制剂，即伊马替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼、瑞派替尼，这些药物对于不可切除和术后复发转移的晚期胃肠道间质瘤控制率较高，这部分患者很难被治好，但可以通过靶向药物控制。除了靶向药物综合治疗之外，还需要长期坚持随访。 近十几年来随着医学的进步，极大改善了胃肠道间质瘤的治疗现状，胃肠道间质瘤也逐步进入慢性病范畴，即便是恶性肿瘤，总体的治疗效果也比晚期的胃癌，或者结直肠癌要好得多，积极乐观的心态赋予战胜病魔的力量，有助于改善患者的生活质量，甚至有机会达到像正常人一样生活。