肛门肌肉出现疼痛的主要原因有以下几种：1、原发疾病：肛门脓肿为急性炎症，且肛门脓肿会继发肛瘘，肛瘘是一种慢性疾病。肛门脓肿和肛瘘感染的来源，都位于肛门括约肌间的位置，肛门括约肌间的位置存在肛门腺，腺体感染为肛门脓肿的主要致病因素。因此一旦出现肛门脓肿，或者肛瘘形成，多数患者在相应感染的肛门腺体位置上，肌肉出现僵硬，在肌肉受到刺激后，出现疼痛的感觉。有时可能在排便或久坐时发生疼痛，并且如果肛瘘形成，疼痛就会更加剧烈；2、功能性疼痛：表现为肛门括约肌痉挛性疼痛，具体的病因目前不是完全清楚，患者主要表现为肛门肌肉的痉挛，同时伴有强烈的疼痛感，这种疼痛感可能为阶段性，也可能为持续性。治疗肛门括约肌痉挛性疼痛主要通过物理治疗，比如热敷、坐浴或者生物反馈、局部麻醉、镇痛等治疗，经过治疗后多数患者能够得到缓解，少数患者得不到有效的治疗。