消化性溃疡主要与功能性消化不良相鉴别，功能性消化不良包括餐后不适综合征及上腹痛综合征。餐后不适综合征的患者，表现为进食后上腹部的不适感。上腹痛综合征临床表现为上腹痛，可能与进食有关，亦可能无关。该类病人主要通过胃镜检查进行鉴别。功能性消化不良的病人，胃镜检查可无任何异常或提示轻度慢性胃炎表现。功能性消化不良的病人，一般胃药治疗效果相对消化性溃疡差。