先天性巨结肠在小儿外科是比较常见疾病，手术风险比较大。手术最主要切除病变肠段以及部分过渡段，这是手术目标和宗旨。具体分析如下：1、操作难度大：所有巨结肠都从直肠开始累及，所以手术一定要经过肛门，因而不好操作，难以暴露，手术操作难度比较大。并且从肛门里拖出腹腔的肠管切掉，难度也比较大；2、术后出血：肠管有丰富血运，因而需要将血管切实扎掉，术后可出现出血；3、损伤输尿管：从肛门里拖出腹腔肠管，可能损伤输尿管，并且其他肠管由于难以拖出，可能导致长度不够，目前现在借助腹腔镜辅助，处理的肠管更多，但容易损伤输尿管出血；4、可能切不够：术中无形段可以切够，因为切肠管的同时需要与病理科进行配合，寻找是否有神经节细胞；5、过渡段难以判断：过渡段判断比较难，对病理科医生和对临床医生都是很大的挑战，国际上或者国内都没有明确标准，切除长度是否足够；6、便秘：如果术中切除长度不够，术后会出现便秘，因为肠道功能不光是神经节细胞，可能其他东西也会影响，所以术后可能出现便秘或临床表现解决不好的风险。总而言之，其为比较成熟的常见手术，但手术风险也大。