新型冠状病毒肺炎的核酸检测，检测是病毒的RNA，病毒的RNA比较具有特异性，不会与其他病毒相混淆，因此一般情况下的扁桃体炎不会影响或干扰核酸检测。另外，新型冠状病毒肺炎的体征表型比较多，部分病人没有症状，仅是嗅觉减退，但部分病人以咽部的异物感为主要表现，而扁桃体炎无论是病毒性，还是细菌性，或是过敏的原因引起扁桃体炎，都会伴有不同程度的咽干、咽痒、烟异物感，因此并不具有特异性。扁桃体炎是否影响核酸检测结果，需要确定是否单纯的患有扁桃体炎，还是感染新型冠状病毒肺炎后的咽部表现，避免混淆。