眼睛疼、头疼的原因较复杂，具体如下：1、可以是由眼部肌肉疾病造成，或者青光眼、痛性眼肌麻痹、海绵窦综合征、冲击性头疼发作；2、高血压、动脉粥样硬化也会出现剧烈头部疼痛，引起眼睛不合适、流眼泪等；3、传染性疾病，如流行性出血热等，可以引起眼睛疼、头疼。一旦出现眼睛疼、头疼的症状后应该及时去医院，在眼科、神经科等诸多的科室协作下，找到确切病因进行对因治疗，越早发现越早治疗效果越好，争取好的预后。