眼睛疼、头疼的原因比较复杂，应该及时就诊，可能要在眼科、神经科等诸多科室专家指导下，进行必要检查，做出鉴别诊断，采取对因治疗。具体原因如下：1、角膜炎：眼睛局部病变刺激三叉神经，引起三叉神经痛，所以眼睛疼的同时三叉神经疼引起头疼，以头前部为主，还可以有流眼泪等其他体征；2、青光眼：导致眼压高，引起眼睛疼、头疼；3、高血压：在高血压、动脉硬化的基础上，造成头疼、眼睛发胀、眼睛疼；4、颅内压改变：颅压高造成头疼、眼睛发胀、眼睛疼。