阴茎尿道口疼痛的常见原因如下：1、局部炎症：炎症刺激黏膜后，造成黏膜水肿、充血，会引起尿道口的疼痛；2、神经痛：如果输尿管结石、末端结石，会引起放射性疼痛，放射到阴茎尿道口部位；3、前列腺炎症：也可以引起尿道口的疼痛；4、腰椎问题：腰椎间盘突出压迫神经，造成骶神经受压，尿道口有时也会出现疼痛。因此尿道口疼痛的原因比较多，患者需要检查尿道口有无红肿、分泌物、明显炎症，如果存在该症状应尽快保持局部清洁、干燥，以及使用消炎药物。如果不存在该症状，患者应检查尿道有无其他病变，包括结石、前列腺炎症，也要进行B超检查，明确肾脏有无积水。如果无法找到原因，需要检查腰骶部神经，判断是否神经受压所造成。