阴茎尿道口红肿、小便疼痛，常见于以下几种原因：1、包皮过长：是否最近性生活过多导致尿道口红肿、小便疼痛，如果没有，则通常与包皮过长有关。包皮如果不能够正常下翻，在包皮和龟头之间容易产生包皮垢，含有较多细菌，容易造成龟头慢性炎症，龟头皮肤紧邻尿道外口，时间久容易造成尿道口红肿，进而造成尿道炎。出现上述情况一方面需要治疗包皮龟头炎，另一方面需要做尿常规检测，如果尿常规检测中发现大量白细胞，建议使用喹诺酮类抗生素进行治疗；2、淋球菌感染：小便口红肿、小便疼痛，如果伴有大量黄白色脓液，要考虑是否有淋球菌感染所致的淋病。淋病属于性病，做快速病原体鉴定后可以明确是否为淋球菌感染。如果是淋球菌感染，下一步建议使用大剂量头孢菌素，口服或者静脉输注药物进行治疗；3、非淋尿道炎：是支原体、衣原体等特殊病原体感染所致，特征性表现为瘙痒，尿道外口分泌物稀薄，但量较多。一旦明确是特殊病原体感染，建议使用大环内酯类抗生素，比如红霉素等进行治疗。