自身免疫性脑炎患者后遗症主要为癫痫发作、精神发作及记忆力障碍等。癫痫发作患者需服用抗癫痫药。精神发作表现为精神异常、行为异常、胡言乱语、沟通障碍、无法正常工作与学习，此类患者可给予抗精神病药物治疗，经积极治疗原发病后精神症状会逐渐得到控制；自身免疫性脑炎多数影响边缘系统如颞叶、海马体等部位，导致患者出现记忆力下降，可给予患者营养脑细胞药物治疗，改善记忆功能。