大部分自身免疫性脑炎病人，没有后遗症，个别遗留后遗症的病人，主要是一些认知功能下降或者癫痫。因为对于现在的自身免疫性脑炎，90%左右的病人是抗NMDA受体脑炎，这一类脑炎的主要症状是精神行为异常、认知功能下降和癫痫发作。大部分病人精神症状都能得到很好地控制，但是反复癫痫的病人，认知功能下降，癫痫不好控制。只有个别重症病人可能会遗留认知下降和癫痫发作，但是70％-80％及以上的病人，不遗留后遗症。所以自身免疫性脑炎后遗症不是很多，极个别特别重症的病人，可能会出现记忆力下降或者反应迟钝等认知功能的一些轻度异常，以及癫痫持续状态，持续时间比较长可能会控制不好，会出现偶尔的癫痫复发或者发作。