房间隔缺损为比较常见的先天性心脏病，绝大多数不会遗传。在胎儿发育过程中房间隔发育不全，导致遗留左右心房之间的异常通道，实际上与遗传物质的改变并无太大关系，可能是宫内感染、发育迟缓等多种原因导致。房间隔缺损的病人在各种检查、治疗中，并未发现其它的原因导致房间隔缺损。很多病人同样会生儿育女，也并未出现明显的遗传倾向。极少数房间隔缺损可能是某种遗传病的表现之一，病人通常不单纯是房间隔缺损这一异常改变，还有其它遗传表现，这种基因可能会遗传，让下一代罹患相似先天性疾病。