尿结石通常有多种的综合致病因素，有时可以找到很强的致病因素，比如甲状旁腺功能亢进、遗传性的胱氨酸尿症等。更多的时候由其他较弱的多种致病因素结合引起，比如社会、环境因素等。尿石症在我国南方地区的发病率比较高，北方地区比较低，中部地区基于中间，说明气候的因素影响很大。尿结石的引发因素还有一个更重要的因素是内因，即个体本身的因素，比如长期喝水少，尿液浓缩，引起结晶的形成，并逐渐累积，同时微颗粒也逐步形成。个人的生活习惯导致尿结石的情况比较多见。尿结石的致病因素还有一个是泌尿系统本身的畸形、梗阻，其中梗阻是最重要的一个致病因素。梗阻导致尿潴留，造成潴留尿中的结晶越来越多，是形成结石的重要因素之一。