子宫内膜异位症引起不孕的原因比较复杂。第一个原因可能是由于子宫内膜异位的病灶，位于卵巢或者子宫韧带、盆腔腹膜时，卵巢上的实性病变，或者影响卵巢的排卵，黄体功能不足，同时可以引起输卵管、卵巢的粘连，盆腔周围的粘连，影响到精、卵结合。同时子宫内膜异位症本身的免疫异常表达以及炎性因子的表达，整体可以破坏受孕的大环境，故而会导致不孕症的发生。子宫内膜异位症一般好发的年龄通常是在生育期的女性，所以对于合并不孕症的女性，通常会带有这样的疾病就诊。对于这样的女性，正常人群一般是1%-10%的发病几率，而对于合并子宫内膜异位症不孕患者的女性，一般主张尽快就诊治疗，而不建议慢慢的治疗。