慢性化脓性骨髓炎的治疗，采用手术、药物综合的疗法，及改善全身的症状，控制感染和手术处理相配合。对于重病长期卧床，尤其在血源性急性发作以后，急需改善全身情况，除了用抗菌药物控制感染以外，还要增进营养，必要时需要输血、手术引流及其他的治疗。药物治疗要根据细菌培养和药物敏感试验，采用有效的抗菌药物。如果是有急性发作或者急性复发，先按急性骨髓炎处理，加强支持疗法和抗菌药物的应用，必要的时候切开引流，使急性炎症得以控制；如果没有明显的死骨，症状只是偶尔发作，局部也没有脓肿或窦道，可以采用药物治疗和后期的理疗、全身的休息，1-2周以后，症状可以消失，无需手术。如果是有死骨、窦道，形成空洞，甚至有异物，除了药物治疗以外，必须手术根治。手术应该在全身和局部情况好转的情况下，死骨分离，包壳已形成，有足够的新骨，可以支持肢体重力的时候进行。