慢性骨髓炎都是由急性期的骨髓炎迁延而来，时间很长，多数全身症状比较轻，往往患部会有窦道，长期窦道渗出不愈合往往是就诊因素。窦道往往都通达顽固性的病灶，是长期不愈合的因素。治疗上首先就要查明顽固性病灶所在部位，通常通过窦道造影、CT、磁共振检查就能明确病灶部位。在明确病灶的部位及在感染的病原体以后，根据病理学改变制定比较完善的手术方案。通过手术把里面的顽固性的病灶彻底清除，然后植入带有抗生素的人工骨颗粒来填充死腔，多数可以彻底治愈。有些创伤性骨髓炎，可能在顽固性病灶清除以后会形成骨缺损，骨的支撑能力较差，可设法进行二期修复，现在还有先进的方法可以给一期的修复，比如做骨搬运。对于骨缺损不大或对今后负重功能影响不很严重的患者，给予临时的外固定过渡期，病人逐渐都可以康复到手术前的状况。