隐球菌脑膜炎的治愈率不理想，虽然起病比较慢，但是治疗比较困难，总的有效率可能只有50%左右，治愈率可能只有30%左右。隐球菌脑膜炎的治愈率与早期诊断、早期治疗是否及时很关键，同时药物的选择对隐球菌脑膜炎的治愈率也非常关键。临床用于治疗隐球菌脑膜炎的药物，首选是两性霉素B，同时还要联合氟康唑或者氟胞嘧啶进行治疗。两性霉素B的副作用比较大，临床一般从小剂量开始逐渐加量，因为病人不耐受，甚至耐药的情况，容易导致隐球菌脑膜炎治疗不彻底，影响疗效、影响治愈率，因此隐球菌脑膜炎的病死率比较高。