溃疡性结肠炎病因尚不清楚，通常认为与遗传因素，以及肠道内正常菌群的改变相关联。正常人体肠道内存在较多细菌且数量庞大，成亿计种类的细菌在肠道内被人体识别且不被攻击。在一定遗传背景下，即部分人的体质遗传免疫方面的问题，再外加因素的影响，比如饮食、生活习惯，紧张、焦虑，药物等刺激下，肠道细菌发生一定改变。此时肠道的免疫器官对肠道内正常的细菌不再识别，而对正常细菌产生攻击，从而导致肠道炎症。由于细菌为正常细菌，所以会反复且无休止的引起慢性炎症，于是溃疡性结肠炎逐渐发展。