鼻内窥镜手术会有一点疼痛感，但大多数患者可以耐受。鼻内窥镜手术根据范围可分小手术、中手术、大手术，可以应用于下鼻甲骨折外移、下鼻甲黏膜下的骨质切除、下鼻甲射频消融、鼻中隔偏曲矫正、鼻息肉切除以及鼻腔、鼻窦息肉摘除，或鼻窦炎开放、眼眶减压，即甲亢患者眼球突出，可进行眶减压，以及颅底肿瘤、颅内肿瘤均可进行鼻内镜手术切除。若手术较大、手术时间较长或患者本身的痛阈较低，可能感觉有些痛苦，且有些患者术后可能需要填塞材料，如油纱条、膨胀海绵，会加重痛苦。若手术较小、无需填塞，则痛苦较小。因此，痛苦感与多种因素有关，如手术大小、术后有无填塞以及患者疼痛阈的大小。若术后痛苦感较强烈，可使用止痛泵，也可口服止咳镇痛药，因此大多数患者能耐受鼻内窥镜手术。