尖锐湿疣的治疗原则以局部去除疣体为主，辅助抗病毒和提高免疫功能的药物，物理治疗如激光、冷冻、电灼、微波等可酌情选用。巨大疣体可手术切除，但妊娠患者接受物理治疗可能诱发流产，所以要注意。光动力治疗适合于疣体较小者，而且在尿道口部位尖锐湿疣，以及采用物理治疗或外用药物去除疣体后，要进行预防复发的治疗。外用药物治疗可选择5%的咪喹莫特乳膏、0.5%的鬼臼毒素酊、5%的5-氟尿嘧啶乳膏外用，注意局部不良反应，妊娠患者不宜使用。抗病毒治疗和提高免疫药物的选用，一般比较常用的就是干扰素还有转因子或胸腺素类，有胸腺五肽、胸腺肽这种提高免疫力的药物全身治疗。