心源性脑栓塞急性期的病死率是5%-15%，病死率较高，死亡原因多数是脑栓塞后严重脑水肿引起的脑疝，以及合并症、肺炎和心力衰竭、呼吸衰竭等。心源性栓塞相对于其它类型的脑卒中，比较容易发生梗塞后出血转化。如果出血量大，形成血肿，导致病情加重；另外心源性脑栓塞容易复发，10%-20%的病人短期内发生第二次栓塞，这些复发的患者病死率更高。因此，急性期尽快溶栓、积极治疗，稳定期采取抗凝治疗，预防脑栓塞再发，可以明显改善脑栓塞病人的预后。大部分患者经过规范治疗后的情况是好转和稳定的，所以神经科专科的规范治疗和预防对心源性脑栓塞的预后非常重要。心源性脑栓塞栓子小，及时溶栓，梗塞面积小的预后较好，栓子大、没有及时溶栓、梗塞面积大的病人预后相对较差。