心源性脑栓塞的治疗，最重要的就是预防血栓的抗凝治疗，以及针对容易引起心腔内长血栓的心脏疾病做治疗，具体如下：1、房颤：比如对房颤，尽量让期恢复窦律，如果不能恢复窦律，恐怕要做射频消融、左心耳封堵等手术的操作，来减少血栓的风险；2、瓣膜病：如果是瓣膜病，比如二尖瓣狭窄、主动脉瓣严重的钙化、狭窄，要做瓣膜的置换。现在有开胸的瓣膜手术，也有微创经皮的瓣膜手术；3、心肌病：心肌病也会容易长血栓，要治疗心肌病的原发；4、先天性心脏病：房间隔缺损或者卵圆孔未闭等先天性的心脏病，在青壮年脑卒中的病人里，最后发现心源性的栓子是来源于下肢静脉系统，血栓随着血流到了右心，穿过了卵圆孔或者是房间隔缺损。随着动脉血跑到大脑里，也叫心源性脑栓塞。这两类疾病，即卵圆孔未闭、房间隔缺损，如果都引起了脑栓塞，要做封堵的手术，也是微创的手术，可以很简单地完成治疗。