吞咽的时候一侧的耳朵疼，有两方面因素，需要针对病因进行治疗，具体情况如下：1、咽喉炎症：如有扁桃体炎、急性咽喉炎、会厌炎，都可以引起病人咽喉的疼痛，同时吞咽的时候一侧耳朵疼痛明显。建议到医院就诊，如果明确是咽喉的炎症，要给予抗炎的药物，如头孢类、阿奇霉素类或者是喹诺酮类进行口服，局部要给予含片、漱口水及治疗咽喉炎的中成药进行治疗。如果是会厌炎，要给予激素的口服以及局部的雾化吸入治疗，病人通常在7-10天，症状能够完全痊愈，耳朵疼也会减轻或消失；2、耳朵炎症：如有外耳道炎或者中耳炎，在吞咽的时候疼痛会加剧。建议到医院就诊，如果检查有外耳道炎或者急性中耳炎，给予抗生素进行口服以外，局部要给予抗生素软膏进行涂抹外耳道或者是抗生素滴耳液进行滴耳。外耳道或者中耳炎控制以后，病人的症状也会消失。