部分朋友在跑步时，容易出现肚子两侧疼痛，引起这种情况主要原因有以下几种：1、胃肠道相关疾病：部分消化不良、便秘、腹胀患者，这时肠道内可能会有过多气体以及食物囤积，此时如果剧烈跑步后，容易引起患者腹部两侧疼痛；2、泌尿系统疾病：如泌尿系统炎症或者结石，在剧烈运动后容易引起单侧或两侧肚子疼痛；3、妇科相关疾病：对于女性患者还要排除是否有妇科相关疾病，比如附件炎等；4、骨骼运动系统相关疾病：比如腰椎以及两侧腹肌的劳损。