跑步时腰背部肌肉持续牵拉用力，正常人一般不会出现明显的疼痛，如果跑步的时候，出现腰两侧疼痛，绝大部分是因为腰背部肌肉有劳损，腰肌劳损最常见于久坐、腰椎骶化、腰椎不稳、腰椎间盘突出。1、久坐：腰背部肌肉劳损，最常见于久坐以后出现的腰肌劳损；2、腰椎骶化：如果存在腰椎骶化、骶椎腰化，或者是骶椎隐裂，使腰部肌肉的附着点与正常人不同，腰部肌肉容易劳损；3、腰椎不稳：特别是出现不明显的Ⅰ度滑脱时，跑步也会出现腰疼；4、腰椎间盘突出：刺激到后面的窦椎神经，在大量活动以后也会出现腰疼。所以，跑步的时候腰两侧疼痛不适，如果是轻微疼痛，可能是由肌肉劳损所致，或者是有局部发育的缺陷，一般问题不大。如果腰疼非常明显，绝大部分存在腰椎不稳的因素，应到医院进行相关检查，以明确诊断。