HPV检查的过程与做一般的复合检查的过程相同，患者需要在检查床上取膀胱截石位，然后用窥器撑开阴道、暴露宫颈。所以这个过程会有轻微不适感觉，但是对于大多数人来说都可以耐受。如果已婚、分娩过小孩，阴道相对比较松弛，这个过程基本上无痛。对于性生活比较少、没有生过小孩，或者已经绝经，阴道已经萎缩的患者，可能检查的过程会有一些疼痛和不适的感觉，但是绝大多数都可以耐受。窥器要暴露出宫颈，然后再用小刷子在宫颈表面进行涂抹，再把刷子连同刷子上的细胞一同放入到小瓶中，小瓶里有培养液，通过计算机和机器用离心的方法分离细胞，再对细胞进行病毒检查，用小刷子涂抹宫颈一般不会有不适感觉。