免疫系统疾病发病原因目前尚未明确，可能与以下几个相关因素：1、遗传因素，免疫系统疾病中有许多疾病与基因有关，例如系统性红斑狼疮、强直性脊柱炎、类风湿关节炎等，比如HLA-B27与强直性脊柱炎有关；2、感染因素，包括细菌感染、病毒感染，在免疫系统疾病发生中也起到一定作用；3、内分泌因素，包括雌激素水平、甲状腺激素等，在免疫系统疾病中也发挥着一定作用，比如系统性红斑狼疮常发生在生育年龄女性，年轻的女性更多见；4、环境因素，包括天气或者人体所处的环境，以及情绪、心态、睡眠，以及是否精神压力过大、思想负担过重等；5、免疫功能调节异常。综上所述，几种因素综合使得免疫系统疾病的发病原因比较复杂，是一种比较难以治疗的疾病。