支原体、衣原体是两种介于细菌和病毒之间的微生物。支原体是现已知最小的细胞外的微生物，衣原体则是寄生在细胞内的原核生物。这两类病原体特别容易侵犯女性的生殖系统，所以在女性的生殖系统感染中，扮演着重要的角色。在男性中，可能会突然造成尿道炎和前列腺炎的表现。尿道炎典型的症状就是尿频、尿急、尿痛，以及尿道外口可以看到有分泌物，在做分泌物病原体检测时可以检出支原体、衣原体。而前列腺炎的表现、临床症状，与一般细菌导致的有菌前列腺炎，或者无菌前列腺炎，症状上没有本质的区别。只是在做精液或前列腺液培养时，可能会发现支原体、衣原体的存在。在治疗上通常推荐大环内酯类如阿奇霉素，或者美满霉素进行治疗，疗程比一般的细菌感染略长，大致是4-6周。根据症状好转的程度，判断、调整疗程的长短。