早晨起来以后眼睛肿，还有点疼，其主要原因如下：1、结膜炎：早上起来以后，由于细菌对结膜长期的侵袭和损害，会造成第二天早上起来炎症加重，睁眼时会疼痛，同时肿胀、水肿情况要严重。有时还有分泌物，属于急性结膜炎，要进行对症治疗；2、麦粒肿：由于细菌对眼皮进行了侵袭、感染，形成急性化脓性脓包，早上起来睁眼时，疼痛、水肿、充血状态比较严重；3、霰粒肿：由于慢性炎症刺激结膜，刺激睑缘性，有一种睑缘性堵塞造成水肿，造成周围组织的肉芽增生，周围充血和水肿，也会造成炎症，感觉眼睛有时会疼痛，或者肿胀的感觉。出现上述症状，都应该进行消炎治疗，对麦粒肿、霰粒肿还可以采取切开引流，或者手术的方法进行切除。