患者小腹隐隐作痛的原因较多，常见于以下原因：1、小肠病变：属于较为常见的原因，小肠病变常见于肠功能紊乱。肠功能紊乱时会引起小腹隐隐作痛，此时患者可以服用纠正肠功能紊乱的药物，如得舒特、援生力维等。患者还可以补充部分益生菌，纠正肠道菌群失调，一般经过1-2个月的药物治疗，会取得较好的的效果；2、乙状结肠、直肠病变：如果患者乙状结肠与直肠存在炎症性病变，例如溃疡性结肠炎，可能伴有黏液脓血便，排此类大便3-4次/天，需要通过结肠镜检查明确。如果患者乙状结肠与直肠发生肿瘤性病变，如直肠癌、乙状结肠癌、直肠腺瘤、乙状结肠腺瘤等，也可能会引发血便，需要进行结肠镜取活检明确诊断；3、膀胱病变：如果患者存在膀胱病变，也就是膀胱肿瘤、膀胱炎症等，可能会引起小腹隐隐作痛；4、妇科病变：女性可能会出现卵巢、输卵管、子宫病变，包括双侧卵巢、输卵管、子宫炎症和肿瘤，引起下腹隐隐作痛；5、男科疾病：包括精囊腺、前列腺病变等，如精囊腺、前列腺炎症或肿瘤，会引起小腹隐隐作痛。