腹部隐隐作痛的原因有以下几种：1、器质性病变：如消化性溃疡、十二指肠球炎、胆囊炎，在早期表现为腹部隐隐作痛。有部分女性如果存在盆腔炎、附件炎时也可表现为腹部隐痛。慢性胰腺炎也有可能出现腹部隐痛的情况；2、功能性表现：如果将腹部相关检查如胃经、肠镜、腹部CT、全消化道造影、钡餐等都检查完，患者还存在腹部隐隐作痛的情况，此时诊断为功能性肠病或胃肠功能紊乱。排除器质性疾病后，可以尝试给予患者肠道钙离子解痉剂和补充肠道有益菌群，来进行实验性治疗。