男孩排尿困难有很多原因，主要原因包括以下几种：1、包皮过长：属于最常见的原因，男孩尿道外口包皮过长，则会造成一系列炎症，导致过长的包皮粘连在阴茎头处，挡住局部尿道外口，或者导致尿道外口狭窄。如果男孩出现此情况，应该及时进行处理，否则长此以往会导致膀胱、尿道或者肾脏功能的损害；2、先天畸形：如果后尿道存在瓣膜样组织，则会影响尿液排出，此时应尽早就诊，否则进一步发展会造成肾功能不全、神经源性膀胱等后果；3、其他原因：比如脊柱或脊髓疾病，同样可能会导致排尿困难。