宝宝凌晨咳嗽剧烈，主要有以下几种原因：1、呼吸道感染：短期急性的凌晨咳嗽剧烈，常见呼吸道感染导致，可能是上呼吸道、下呼吸道，细菌、病毒或者支原体感染；2、咳嗽变异哮喘：凌晨长期咳嗽长期，可能是咳嗽变异哮喘，表现为肺里听不到哮鸣音，凌晨咳嗽比较剧烈，主要是由于凌晨交感神经兴奋性减低，支气管痉挛导致咳嗽；3、鼻后滴流综合征：又叫上气道咳嗽综合征，宝宝躺下以后，鼻涕倒流到咽部，剧烈咳嗽才能把鼻涕咳出来，处理方式，以治疗鼻炎为主；4、胃食管反流：宝宝睡觉时躺下以后，胃内的食物反流到咽部，甚至吸入到气管里头，会引起剧烈咳嗽，此类原因比较少见。具体原因，应到医院找专业医生进行判断。