凌晨3点清醒的常见原因如下：1、生理现象：50-60岁的老年人，由于生理激素水平下降，无法维持长时间睡眠，导致后半夜容易醒。醒后通过看书、看报，仍可继续睡眠，属于生理现象；2、前列腺增生：老年男性患者出现前列腺增生，导致半夜需要起夜上厕所，引发后半夜清醒。此时需要就诊于泌尿科，通过前列腺B超检查，明确是否有前列腺增生；3、鼾症：即睡眠呼吸暂停综合征，患者可能期间清醒数次；4、情绪因素：部分患者凌晨3点清醒后，无法入睡，出现烦躁情绪，且平时伴精神情绪低落、消极、沮丧，需要考虑存在焦虑疾抑郁障碍。