卵巢囊肿5cm是否严重，取决于B超的影像学检查以及肿瘤标志物的结果，常见情况如下：1、如果仅是无回声直径5cm的卵巢囊肿，且肿瘤标志物正常，可以定期复查。2-3个月后，月经干净1-2天复查B超，检查卵巢囊肿是否持续存在。如果持续存在，可以考虑腹腔镜检查；2、如果卵巢囊肿5cm，内有分隔、血流，以及实性成分，可以查肿瘤标志物，以及CT、核磁，以判断卵巢囊肿的性质。如果有实性成分，或分隔、血流，有交界性或恶性的可能，需要积极进行手术治疗；3、如果卵巢囊肿5cm，伴有下腹隐痛，以及急性盆腔炎病史，还有可能是输卵管卵巢囊肿，为炎症的改变，可以给予抗炎治疗，观察是否消失或缩小；4、如果囊肿内为密集点状回声，伴有痛经症状，还有可能是巧克力囊肿。直径超过4cm的巧克力囊肿，也有手术指征，可以进行腹腔镜手术。