患有肛门疾病可以去以下科室就诊：1、中医院：我国的现状是绝大部分中医院有专业的肛肠科，患有肛肠疾病，就要前往其肛肠科进行诊治；2、西医院：部分西医院现在也建立了专业的肛肠科，此时也需要去肛肠科诊治；3、综合性医院：部分综合性医院没有专业的肛肠科，肛肠疾病是属于外科下面的二级学科，因此，应前往这些医院的普外科进行诊治。无论是肛肠科还是普外科，这两科的医生都进行了专业的肛门检查训练，也进行了肛门疾病的支持拓展。因此，这两科的医生，对于诊治肛肠疾病都没有问题。除非部分医院的普外科非常专业，比如部分医院的普外科可能专门看内分泌，这个普外科就是治疗甲状腺或者乳腺的科室，需要去另一个普外科就诊。通常这种情况下，其普外科可能是普外一、普外二、普外三的分割状态，所以要看医生具体擅长诊治的范围，是否有肛肠疾病。