复杂性肛瘘手术后愈合时间较长，一般要一个多月到两个月，因此手术后伤口护理非常重要。一般要求病人每天便后坐浴，没有排便也要坐浴2-3次，每次坐浴5分钟。坐浴要清洗伤口，把伤口表面分泌物清洗干净，然后再上药膏，再涂促伤口生长药物。 此外，可用一些止疼药，因为病人伤口创面比较大，往往比较疼痛。应定期口服止疼药，定时到医院就诊。医生根据肛门伤口愈合情况采取措施，若为假性愈合，应清除一些不平的肉芽组织，促进创面愈合。