乳糖不耐受的婴儿进食母乳也会导致腹泻，需补充足量乳糖酶。母乳中碳水化合物以乳糖为主，因而食用母乳会导致乳糖不耐受的婴儿出现腹泻症状。此类婴儿主要是由于乳糖酶含量不足，从而导致无法较好分解母乳中的乳糖造成腹泻。目前可给婴儿补充人工提炼的乳糖酶消化乳糖，具体操作是将适量的乳糖酶与10ml-15ml母乳调匀，在哺乳前15分钟给婴儿饮用。若新生儿每天进食6-8次母乳，则也应尽量补充6-8次乳糖酶，从而避免出现乳糖不耐受导致腹泻症状。随时间推移婴儿自身可产生足量乳糖酶时，可停止补充外用乳糖酶。