母乳可能会引起乳糖不耐受，乳糖不耐受通常指肠道内缺乏乳糖酶，导致母乳或奶粉中的乳糖消化不良，不能被正常消化吸收，形成渗透性腹泻的表现。乳糖为乳类中重要的糖类，通常在奶粉和母乳中均含有，部分婴儿由于先天或后天因素，比如病毒性肠炎或食物蛋白不耐受等，造成肠黏膜损伤，从而导致乳糖酶分泌减少，造成患儿无论吃母乳还是奶粉，其中的乳糖均不能得到消化吸收，从而使乳糖在肠道被细菌分解，形成渗透性腹泻。渗透性腹泻容易引起患儿继发性腹痛、肚胀、哭闹、腹泻，以及水样便、泡沫便等表现。乳糖酶是肠道里面比较重要的消化酶，当乳糖酶缺乏时，无论是母乳还是奶粉喂养的患儿，均会出现乳糖不耐受的现象。