早晨起来双侧肾脏区域出现隐隐作痛的感觉，只有鉴别诊断明确，才能决定如何进行治疗，以及服用何种药物。早晨起来出现这种情况，最常见的是以下几种情况，具体如下：1、腰椎间盘突出：造成骨骼异常，导致双侧肾区不适，这时候需要做相应的腰椎CT，或者腰椎X光片，来进行鉴别诊断，如果是轻度椎间盘突出，或者骨质增生，可以服用非甾体消炎药，但是服用以前，要确认肾功能是正常的；2、腰肌劳损：因为睡觉的时候床铺过软，或者过硬，造成肌肉损害，腰肌劳损在活动后可以缓解，可以外用膏药来缓解疼痛。如果缓解不理想，可以口服非甾体消炎药，同样的道理，肾功能不全的时候需要慎用。此外，排除以上情况之后，还有比较常见的是肾脏结石，或者积水、感染，但是这种情况和睡觉关系不是很大。