女性后腰两侧疼痛可能有以下几种原因：1、生理性因素：生理周期中可能出现后腰两侧疼痛，如月经前盆腔脏器充血、水肿，压迫骶神经，引起腰骶部疼痛，为正常生理现象，与月经周期有明显关系，通常经过适当休息，进行一定的理疗、热敷，可以明显缓解；2、腰肌劳损：腰部肌肉较丰富，主要起支撑和固定作用，如果长期从事某个过度的劳动导致腰肌劳损，会出现后腰疼痛，需要积极治疗，如理疗、热敷、烤电、针灸等；3、泌尿系统疾病：腰部有较重要的脏器，如输尿管、肾脏等，疼痛可能由输尿管结石、肾炎等引起；4、妇科疾病：如子宫内膜异位症、巨大卵巢囊肿、子宫肌瘤导致的子宫增大、子宫腺肌症等，出现盆腔压迫症状，引起腰骶部疼痛。女性后腰两侧疼痛有生理和病理因素，应及时至医院明确诊断，再进行治疗。